1775年9月，为使学校免遭南北战争战火蹂躏，哈佛被迫将校址迁到康科德镇（Town of Concord），1776年6月迁回原址。美国独立战争之后，哈佛学院走上了稳定发展时期。到1780年，哈佛学院已先后建立了神学、数学和自然哲学、医学三个教授讲座，马萨诸塞州议会批准学院升格为哈佛大学。哈佛大学于1781年第一次向学生提供医学指导，并在1782年成立了医学院。1783年10月7日，哈佛医学院正式挂牌成立，医学院首批学生仅有2名，他们于5年后获得医学学士学位。1790年，哈佛大学开设了拉丁文、希腊文、数学（包括天文学）、英文写作、哲学（包括形而上学、道德和政治）、神学、自然哲学，希伯来文和法文两科由学生任选一科。

由于学校当局和医学院在管理上发生分歧，哈佛医学院于1810年自立门户，迁至波士顿市区。自学院成立至1810年，共有50位学生毕业于哈佛医学院并获医学学士学位。按照欧洲中世纪大学的传统，必有拥有至少3个学院的联合体，才够格称为“大学”。哈佛大学于1816年设立了神学院，1817年设立了法学院，加上原有的以文理为主科的哈佛学院，一共有了3个学院，哈佛大学也终于成为名副其实、名正言顺的大学。

1869-1909年，化学家查尔斯·威廉·埃利奥特（Charles William Eliot）担任哈佛大学校长，任期长达40年之久，成为哈佛大学历史上任期最长的校长。他在任期内重建法学院、改革医学院，并且新建了商业管理学院、牙医学院、文理学院，他还注重学术研究，推行选修制度，奠定了哈佛大学成为现代研究型大学的基础。1870-1871学年，哈佛大学开始打破按固定的班级和次序开列规定课程的做法，把所有课程按阿拉伯数字逐一编码排列，允许学生按规定自由选修。1872年1月，哈佛大学董事会批准成立文理研究生院，第一任院长是天文学和数学教授詹姆斯·皮尔斯（James Mills Peirce）。研究生院授予艺术硕士、科学硕士、哲学博士和科学博士学位。

1871-1872年，哈佛大学共开设了74门研究生课程，但这些课程主要是从本科生课程中挑选出来的课程。这一时期，研究生和本科生的课程没有什么区别，研究生只学习他们在本科阶段没有学习过的选修课程。研究生院只有学生28名，教授1人，助理教授1人、讲师10人。1879年，建立哈佛附楼，并招收了27名女学生；后于1894改称拉德克利夫学院（Radcliffe College）。埃利奥特任职期间，哈佛大学注册学生从1000人上升到3000人，教学人员从49名增加到278名，学校基金从23000000美元增加到225000000美元。

1908年，哈佛大学进入了改革和建设的新时期。作为文理学院研究生部的工商管理研究生院于1908年正式成立；建院之初拥有59名学生，到第一学年结束时，已拥有来自12个州、14所学院的80名学生。1909年1月13日，阿伯特·洛厄尔（Abbott Lowell）成为哈佛大学新校长。洛厄尔校长不断进行大规模的校园扩建，成为历史上对哈佛大学基础设施建设贡献最大的一位校长。建设活动开始于1911年左右，持续了21年。1913年，哈佛大学公共卫生学院、哈佛大学出版社成立。1914年，哈佛大学相继建立了建筑学院和园艺设计学院。1920年，哈佛大学建立了教育研究生院，授予教育学硕士和博士学位。1929年，又建立了城市规划学院。在课程改革方面，哈佛大学于1914年开始实行集中分配制课程改革方案；此外，还建立了导师制度。

1933年，科南特（J. B. Connat）继任校长。在科南特的领导下，哈佛大学实施了哈佛大学全国奖学金项目（Harvard National Scholarships），还在非终身教职的教师的晋升上实施“晋升否则离开”（up-or-out）的政策，这样的标准成为美国几乎所有的研究型大学任命教授的标准。1936年，建立了设计研究生院、公共行政研究生院。1945年10月，哈佛大学全体教职员工投票通过了《红书》所提出的普通教育计划，并于1949年3月付诸实施。1951年，哈佛大学正式推行普通教育计划，由此形成了以普通教育为基础，以集中与分配为指导的自由选修制度。

1953-1971年间，内森·马什·普西（Nathan Marsh Pusey）担任哈佛大学校长。在他的主持下，哈佛大学进行了美国高等教育史上规模最大的募捐活动，为哈佛大学筹集资金达825000000美元；学校建筑面积增长了一倍，储备基金从2亿多美元增加到10亿多美元。1956年，以哈佛大学、耶鲁大学、普林斯顿大学为代表的东部10所大学结成联盟，建立了常春藤学校联盟。

1971年，德里克·博克（Derek Bok）继任校长。他在任职期间建立了本科生“核心课程”体系，于1979年付诸实施，到1981年已有88%的新生开始修习核心课程。1982年9月，核心课程在哈佛大学全面推行。此外，哈佛大学在1975年实行了男女本科生平等入学政策，1982年重新开放了关闭40年之久的近东古代博物馆（Harvard Museum of the Ancient Near East），福格、布希·雷辛格和萨克勒博物馆也于1984年合并成为哈佛艺术博物馆（Harvard Art Museums）。

陆登庭（N. L. Rudentin）于1991年7月1日出任哈佛大学校长，他在任职期间建立了拉德克利夫高级研究所（Radcliffe Institute of Advanced Study）、巴克中心（Barker Center）等专门的研究中心，还先后建立了大卫·洛克菲勒拉丁美洲研究中心（David Rockefeller Center for Latin American Studies）、亚洲研究中心（Asia Center）、国际发展研究中心（Center for International Development）、白诺德健康及人权研究中心（Bagnoud Center for Healthand Human Rights）。哈佛大学于1994年发起全校范围的募集基金运动，到1999年12月募集运动结束时，一共从近17.5万名校友和社会各界人士手中筹集到了26亿多美元，学校储备基金也由1991年的47亿美元增加到1999年底的140多亿美元。1999年，拉德克利夫学院与哈佛学院合并。

20世纪末，哈佛大学的社群机构包括哈佛学院、拉德克利夫学院这2个本科生院和文理学院、医学院、法学院、神学院、牙医学院、商学院、教育学院、设计学院、公共卫生学院、肯尼迪行政管理学院共计10个研究生院，拥有1.85余万名全日制在校生和2300名教师。

2004年，哈佛大学启动了金融援助计划。自援助计划启动以来，截至2023年，哈佛大学已向本科生提供了超过30亿美元的资助。2013年，总统德鲁·福斯特（Drew Faust）发起了哈佛运动（Harvard Campaign），计划筹集65亿美元以用于教学和研究计划、财政援助、“学生体验”、资本改善以及“促进合作和计划的灵活资金”，这也成为高等教育界有史以来规模最大的一次募捐活动。

2023年4月11日，商界领袖和慈善家肯尼思·C·格里芬向文理学院（FAS）捐赠了3亿美元，以支持学院推进尖端研究。格里芬在哈佛大学的慈善捐赠跨越四十年，总额超过5亿美元。为了表彰格里芬多年来对哈佛大学的捐赠，将文理研究生院（Graduate School of Artsand Sciences）以他的名义更名为哈佛肯尼思·C·格里芬文理研究生院（Harvard Kenneth C. Griffin Graduate School of Arts and Sciences）。同年7月1日，克劳丁·盖伊（Claudine Gay）就任哈佛大学第30任校长。

截至2023年，哈佛大学共设有14个学术单位，其中本科生教育主体由哈佛学院承担。全校总共设有57个本科专业、132个研究生专业。

截止至2023年11月，哈佛大学的本科生学院——哈佛学院共设有50个本科生专业，涵盖艺术、工程、历史、语言文学和宗教、生命科学、数学与计算、物理科学、定性社会科学、定量社会科学9个研究领域，共开设有3700门课程。

以下是哈佛大学在世界四大权威大学排名中的排名情况。

此外，2019—20年，在“世界大学排名中心（CWUR）”公布的世界大学排名中，哈佛大学位列世界第1。2017—18年，《福布斯》评选的“美国100所最具价值大学”排名出炉，哈佛大学排名第5；2017年8月，2017福布斯美国大学排行榜，哈佛大学排名第1。2017年11月，《泰晤士高等教育》发布2017年全球就业能力最强学校排行榜，哈佛位列世界第2名；2018年11月，英国《泰晤士高等教育》发布2018年全球大学毕业生就业竞争力排行榜，哈佛位居第1。在2020及2021莫斯科国际大学排名中位居第1。

哈佛大学在生命科学、自然科学、法学、医学、商学、社会学等多个学科领域拥有世界级的学术影响力。以下是哈佛大学在各领域的详细排名。

（1）2019—20年泰晤士高等教育世界大学排名（THEWUR）学科排名：

（2）2019—20年QS世界大学排名（QSWUR）学科排名：

（3）2019—20年软科世界大学学术排名（ARWU）学科排名：

（4）2018—19年US News全美主要研究生院（Graduate School）排名：

2019—20年US News全美职业学院（Professional School）排名：

哈佛大学的师生比例为7：1，该校70.6%的班级学生人数不足20人。截至2022年10月31日，全校共有19639名教职员工，其中全校教职员工全职当量（FTE）为18796.2。截至2023年，该校共有339位美国国家科学院院士，215位美国国家医学院院士，1435位美国文理学院院士。

哈佛大学受捐资金居于世界科研机构之首，在2013年已经累计达到320亿美元，是仅次于比尔及梅琳达·盖茨基金会的最大捐赠基金；哈佛年平均科研经费超过7亿五千万美元，为14个学院上百个研究机构提供支持。

2014年3月27日《自然》杂志发布年度报告，2013年在《自然》杂志上发表高质量论文的贡献指数，哈佛大学位列第一，中国科学院在这份榜单上居于全球第6位。在《sciencewatch》发布的1999—2009十年间论文引用排名中，哈佛大学同样高居首位。

2022年，哈佛大学的科研经费支出金额为940万美元。截至2023年，该校已有51位诺贝尔奖获得者，奖项类别涵盖物理学、化学、医学、文学、和平、经济学等多个领域。其中包括11项诺贝尔物理学奖、7项诺贝尔化学奖、17项诺贝尔医学奖、1项诺贝尔文学奖、3项诺贝尔和平奖、12项诺贝尔经济学奖。

科研排名方面，哈佛大学在上海软科发布的2023年世界大学学术排名（ARWU）中位列第一，在自然指数（Nature Index）发布的2023年全球机构学术排名中也位居榜首。

哈佛大学拥有美国最大的学术图书馆，规模为全球第五（仅次于美国国会图书馆、大英图书馆、法国国家图书馆、纽约公共图书馆）。

哈佛大学图书馆的中央系统位于哈佛庭院的怀德纳图书馆（Widener Library）内，整个系统覆盖80所不同的图书馆，整体馆藏量超过1600万册，使其成为全美最大的学术图书馆网络，同时位居全美第三（仅次于美国国会图书馆和波士顿公共图书馆）。不同的图书馆适合不同类型的读者进入：位处于剑桥市本部的加博科学图书馆（Cabot Science Library）、拉蒙特图书馆（Lamont Library）及怀德纳图书馆为本科生最常去的图书馆；霍顿图书馆（Houghton Library）及亚瑟·伊丽莎白施莱辛格图书馆（Arthur and Elizabeth Schlesinger Library）专门收藏有关美国女性地位发展的历史参考；哈佛大学数据库搜罗了各种珍贵的书籍及手抄搞；美国一些最古老的地图、地名册等能在哈佛的蒲赛图书馆（Pusey Library）内找到；而哈佛燕京图书馆内则保管与东亚古老语言相涉的文献。

哈佛大学设有《哈佛大学植物学论文》（HPB），《哈佛大学植物学论文》创刊于1989年，是一份参考期刊，主要发表真菌学和植物学的原创贡献，尤其是在系统和经济植物学及相关领域，每年定期出版两期（6月和12月出版）。

哈佛大学设有《I TATTI研究》（期刊）每年出版两次，是以意大利语和英语撰写的开创性作品，其近期的作品包括《文艺复兴时期的现代性》（2017年）和《未完待续》（2010年）。

由一个红色盾牌、三本打开的书和“VERITAS”一词共同构成的盾形徽章，是该校图形标识的核心元素，在哈佛大学的任何地方都可以看到这种徽章的变体。带有花环和旗帜的盾形徽章也被称为装饰徽章，是哈佛大学的官方标志，也是该校的纪念徽章。

最早校训是“Veritas Christoet Ecclesiae”，英文为“Truth for Christ and the Church”，意为“追求基督教与教会意义上的真”。后来，随着哈佛的世俗化以及与宗教脱离关系，这句话也就自然而然地简化成了一个词——Veritas。这个词经常被人翻译为“真理”，它不仅是“真理”，也有“真实”、“真相”等意思。在哈佛，在知识、世界、社会、人类等种种领域追求“真理”、“真实”和“真相”乃是永恒的目标。

演讲比赛是哈佛大学毕业典礼中最古老、最重要的传统活动之一，比赛一般分为三轮，包括应届毕业生之间的拉丁文演讲比赛、英文演讲比赛，以及大学研究生院或专业学院的学位候选人之间的比赛。演讲结束后，由评委会在每轮比赛中各选出一名学生，在毕业典礼上向包括理事会成员、荣誉学位获得者、教师、家长、校友和毕业生在内的约32000人发表演讲。

自从美国举办首个大学体育赛事——1852年哈佛大学与耶鲁大学的赛艇比赛以来，体育运动一直是团结整个哈佛社区的重要力量。哈佛大学拥有女子橄榄球队、女子高尔夫队、垒球等42支校队，是全美国拥有一级体育部门数量最多的学校。学校还推出了“哈佛田径视频库”，其中收集了鲍比·肯尼迪（Bobby Kennedy）在1947年的比赛视频、女子长曲棍球队在20世纪90年代赢得NCAA冠军等视频资料。

此外，该校还建立有哈佛体育俱乐部，它是由哈佛大学本科生独立运营的学生组织，设有50多个俱乐部运动，面向哈佛大学的本科生、研究生和教职员工开放。

截至2023年11月，哈佛大学共有剑桥、奥尔斯顿、波士顿三个校区。

该校区设有艺术与科学研究生院、哈佛神学院、哈佛设计学院、哈佛大学继续教育部等10个院系，配备有执行副总裁办公室、总法律顾问办公室等。

该校区设有的哈佛体育场、哈佛创新实验室和新开放的科学与工程综合大楼。

该校区生物医学研究和医学教育的国际中心，设有哈佛医学院、牙科医学院和陈曾熙公共卫生学院。

博物馆

哈佛大学拥有15家博物馆，收藏了文艺复兴时期绘画到玻璃花等多种独特藏品。其中，福格博物馆、布希-雷辛格博物馆和亚·M·萨克勒博物馆3家博物馆共同构成了哈佛艺术博物馆，其在艺术史的发展和艺术博物馆的演变中发挥了重要作用。哈佛艺术博物馆开设有萨迪斯考古探索中心、哈佛艺术博物馆档案馆、施特劳斯保护和技术研究中心3个研究中心，拥有各类藏品244044件，其中包括从新石器时代至现代的来自东亚、南亚和东南亚、中亚、西亚、北非以及希腊、罗马、埃及和中东等亚洲和地中海地区的6万件藏品，还收藏有少量美国原住民制作的传统作品和两件贝宁王国制造的物品。

马萨诸塞大厅（Massachusetts Hall）

马萨诸塞大厅是由哈佛大学校长约翰·莱弗里特（John Leverett）在其继任者本杰明·沃兹沃斯（Benjamin Wadsworth）的帮助下，于1718年至1720年间设计和建造的，是哈佛现存最古老的建筑，曾作为宿舍、军营、报告厅、天文台、行政办公室使用。

哈佛体育场

哈佛体育场建于1903年，坐落在波士顿的查尔斯河旁，是全美国最好的大学橄榄球设施之一，也是美国为大学橄榄球运动建造的第一座体育场。体育场拥有25884个座位，整体呈马蹄形，包含了希腊体育场和罗马马戏团的建筑元素，是世界上第一个大型钢筋混凝土结构、美国大学体育运动的第一个大型永久性竞技场，被认定为美国的四个国家历史地标体育场馆之一。

哈佛大学共出过8位美国总统和数百位诺贝尔、普利策奖获得者。此外，还培养了一大批知名的学术创始人、世界级的学术带头人、文学家、思想家，如诺伯特·德纳、拉尔夫·爱默生、亨利·梭罗、亨利·詹姆斯、查尔斯·皮尔士、罗伯特·弗罗斯特、威廉·詹姆斯、杰罗姆·布鲁纳、乔治·梅奥等；著名外交家、美国前国务卿亨利·基辛格、蒙古国前任总统查希亚·额勒贝格道尔吉也出自哈佛。美国第71任国务卿安东尼·布林肯。近代以来，中国也有许多科学家、作家、学者曾就读于哈佛大学，如胡刚复、竺可桢、杨杏佛、赵元任、陈寅恪、林语堂、梁实秋、梁思成、江泽涵、胡秀英、余英时、李欧梵等。

2015年5月，64名亚裔学生向美联邦政府提出申诉，指控哈佛大学的招生程序明显歧视亚裔学生。美国司法部近期正对此案展开调查，此前要求哈佛大学在12月1日之前递交相关文件，否则将被起诉。2017年12月2日，哈佛大学校报《深红报》网站报道称，美国司法部官员确认，哈佛大学校方已同意将原本列为保密内容的学生申请文件及学籍资料交出。当地时间2018年10月15日上午10时，“哈佛招生歧视亚裔”案在波士顿联邦法院开审。哈佛大学法律团队在开庭陈述中否认存在任何歧视，称种族只是考虑因素之一，只会帮助学生获得录取机会。“大学生公平录取”组织（Students for Fair Admission，SFFA）主席爱德华·布鲁姆（Edward Blum）称，哈佛大学非法参与“种族平衡”活动，人为地限制了该校亚裔学生的数量，使亚裔美国人的入学人数保持在或低于20%。

2020年7月8日，哈佛大学和麻省理工学院就向国土安全部及美国移民及海关执法局（Immigration and Customs Enforcement, ICE）发起诉讼。

2023年11月6日，据《纽约邮报》报道，哈佛大学被爆为成绩不佳但具备校友子女、巨额捐赠者或权贵家庭出身等条件的报考者们准备了一个秘密的“Z名单”。入选该名单等同于被录取，不必重新申请便可于次年入学。该名单可以最早追溯至20世纪70年代初，每年约有50至60名学生入选“Z名单”。

2024年5月22日，哈佛大学董事会宣布，校方已决定剥夺13名毕业生的学位文凭，理由是他们参加支持巴勒斯坦的校园反战抗议活动，违反哈佛大学政策。20日，哈佛教职人员投票支持让这些学生顺利毕业，但他们的文凭最终仍被董事会剥夺。

2024年8月12日消息，据媒体报道，美国知名学府哈佛大学指控三星在微处理器与记忆体晶片领域侵犯了其2项专利，相关技术还涉及三星多款手机。三星已被哈佛大学在联邦法院起诉，原告指控，三星生产微处理器与记忆体晶片的技术侵犯了该校化学教授Roy Gordon与其他4位发明人在2009年与2011年获得的专利，这4人均是哈佛大学戈登实验室的博士后或者研究生。